I Laurids de Thuras ejertid 1750-1755, tog han voldsomt fat. Han fjernede de kamtakkede gavle, og formede hele komplekset udvendigt i ren og kraftig barok stil - sådan som det fremstår i dag. Den nuværende vinduesplacering, den indvendige ruminddeling, og til dels også udsmykningen med malede tapeter, er i det store hele hans værk. Det samme er den smukke port gennem sydfløjen. "Kongeboligen" i nordfløjen, der blev indrettet ved klosterets bygning, blev også lavet om og inddraget i huset.
Visse spor og skriftlige kilder tyder på, at der i den katolske tid har været åbne buegange indvendigt mod klostergården samt "Svalegang" på sydfløjen. De er formentligt sløjfet på daværende tidspunkt.
Dog er samtlige ydermure - bortset fra fornødne reparationer - fra munketiden.
Børglum Kloster kirke havde i middelalderen status af domkirke, og var fysisk større end den fremstår i nutiden. Nyere forskning vurdere at byggeriet på Domkirken er startet omkring år 1170.
Børglum Kloster Domkirken var indviet til Jomfru Maria og var i middelalderen organiseret af Præmonstratenser kannikker. Præmonstratener-ordenen var en reformorden, der havde oprindelse i klosteret Premontré og blev stiftet af Norbert af Xanten. Munkeordenens religiøse klæder var hvide, og derfor blev de også kaldt ’de hvide mænd’. Børglum kloster blev hovedsædet for præmonstratenserordenen i norden. Konventet fungerede som domkapitel, og domkirken var også klosterkirke for korherrerne.
Efter reformationen mistede Børglum Kloster sin status af domkirke.
Ved landevejen står klosterets gamle mølle der har været i drift indtil begyndelsen af det 20. århundrede. Møllevingerne blev sat i kors på grund af Christian Michael Rottbøll, der blev dræbt i frihedskampen under anden verdenskrig. Han var onkel til den nuværende ejer, som er 6. generation af slægten Rottbøll der med sin familie ejer, bebor og varetager Børglum Kloster til eftertiden.
På nordsiden af møllehøjen, der i øvrigt er en gravhøj, findes Sct. Bodils kilde. I "Den Gamle Smedje" oppe ved landevejen finder en restaurant, den har a´la carte menuer i sommermånederen og kan bestilles til specielle private arrangementer.
