Kirken er med sine højtsvungne hvælvinger, sin hvide renhed og sit prægtige inventar imponerende og helt unik. Selv om den er mindre og betydelig enklere end den oprindelige.
Udførelsen af inventaret var Laurids de Thuras værk som han foretog i årene 1725 til 1750. Den daværende ejer og Thuras senere svigerfader Kiærskjold bad den unge arkitekt om at stå for udformningen af det nye inventar i kirken, der skulle afløse det sikkert stærkt forfaldne fra den katolske tid. Læg mærke til den mægtige og meget smukke alteropbygning. Den ejendommelige sorte drapering af østgavlen er malet fløjlsagtig og omslutter alteret så indtrykket af en flad gavlmur næsten helt forsvinder. Alterskranken er et overordentlig smukt træskærerarbejde. I andet buefag skimter man de høje spidsbuer, der i sin tid var åbne ind til korsarmene.
I hovedskibet er der indsat to ligsten. Den ene er tilegnet biskop Jep Friis (1453-1486) og den anden biskop Niels Stygge Rosenkrantz (1486-1519).
Midt på denne side finder man åbningen til døbefonten. Langs dåbsrummets vægge er der 35 barnefigurer udskåret i træ. Alle er forskellige med hver sin symbolske betydning. Fontehimmelen er fra samme tid. Krucifikset på hovedskibets sydvæg er fra 1400-tallet.
Pulpituret i vestenden der rummer herskabsstolen er dekoreret med Kiærskiolds våben i midten, Rantzaus til venstre og Thuras til højre. Oven over herskabsstolen er det smukke orgel i rokokostil, som de Thura skænkede kirken, da han i 1750 gennem giftermål overtog ejendommen.
I det sydlige sideskib finder man mod vest det Thuraske gravkammer. Epitafium i marmor herover er opført af de Thura selv. Det har dog ingen inskription, da de Thura ikke ligger begravet her, men i Trinitatis kirke i København. Staten bekostede hans begravelse som anerkendelse af hans fremragende bygmesterindsats gennem årene. Flere medlemmer af de Thuras nærmeste familie er bisat her i Børglum klosterkirkes gravkammer, det er ikke tilgængeligt.
Lige overfor, mod øst, er der et mindesmærke for Justitsråd Hillerup, der var ejer fra 1809. På en pille mellem dette sideskib og hovedskibet finder man en mindetavle for kaptajn Christian Michael Rottbøll, hvis grav findes ved kirkens østgavl i den gamle korrunding.
Korrundingens nøjagtige grundplan er markeret ved profilhuggede granitkvadre. De har siddet i den del af kirken, der blev revet ned omkring år 1600.
På nordsiden af kirken er en grundplan af den nedrevne nordre korsarm markeret. I klosterbygningernes udvendige mure er der vist cellevinduer i øverste stokværk. I de nederste stokværk er der tilsvarende vinduer med den spidsbuede blænding oven overalt fra munketiden - samt de højere rundbuede vinduer fra ombygningen i lensmandstiden. Alt dette fandt man frem under en omfattende restaurering i 1932-35.
Granitkummen midt i klostergården har sandsynligvis været benyttet som vievandskar og har været indbygget i muren ved kirkens oprindelige indgang.
I selve klostergårdens brolægning kan man se aflange firkanter markeret med store sten. Firkanterne viser utvivlsomt munkebegravelser.
Kirken er stadig sognekirke selvom den er i privat eje og al vedligeholdelsen påhviler ejeren. Der er gudstjeneste hver søndag hvor alle er velkomne.
Orgelet er restaureret i 1980 og betegnes som et af de fineste barokke orgler i landet. Kirken bruges ofte til kirkekoncerter.
I 1995 og 1996 restaureredes kirkens tag og ydermure med støtte fra private fonde, EU og de danske fredningsmyndigheder.