Når man i dag besøger Børglum Kloster, kan man godt undre sig over, hvorfor netop denne noget afsides beliggende bakketop blev valgt til det nordenfjordske magtcenter gennem hele middelalderen.
På Børglum Bakke var der i vikingetiden en kongsgård, ca. 1060 bliver der oprettet et bispesæde på stedet, og midt i 1100-tallet vælger præmonstratenserordenen lokaliteten, der bliver ordenens hovedsæde i Norden.
Derfor må vi gå ud fra, at Børglum var centralt beliggende, med gode transportmuligheder til og fra stedet, i den periode.
I vikingetiden og den tidlige middelalder havde de danske konger ikke fast bopæl, men var konstant på rejse rundt i landet. De indlogerede sig oftest på en af de mange kongsgårde, som fandtes dengang. Disse kongsgårde hørte under krongodset og fungerede som administrationscentre for de forskellige landsdele eller retsområder. Til at forestå den daglige drift og varetage kongens interesser var der af kongen ansat nogle ombudsmænd eller »bryder«, som de kaldes i samtidige skriftlige kilder. Når kongen ikke selv var til stede, var det dem, der havde til opgave at inddrive de skatter, afgifter og bøder, der tilfaldt kongen. Derfor var disse mænd naturligvis ikke altid lige populære hos lokalbefolkningen.
I samarbejde med ærkebiskoppen af Hamburg-Bremen, Adelbert, oprettede den danske konge Svend Estridsen tre nye stifter i Nørrejylland omkring 1060: Århus, Viborg og Børglum. Det nye Vendsyssel stift kom til at omfatte Vendsyssel, Thysyssel med Hanherred samt Mors, som egentlig var en del af Sallingsyssel. Flere ting tyder på, at det var en del af kongsgårdens jorder, der blev udstykket til bispegården og stiftsadministrationen, og da kongen jo på den tid havde sin gård, sandsynligvis med tilhørende kirke, på toppen af Børglum Bakke, ja så blev bispen henvist til arealet umiddelbart syd for bakken.
Vi ved ikke med sikkerhed, hvornår det første egentlige kloster blev oprettet på Børglum, men allerede kort efter 1060, da bispesædet blev oprettet, må vi gå ud fra, at der i hvert fald har været et klosterlignende samfund tilknyttet bispesædet. På foranledning af ærkebiskop Eskil var det den magtfulde præmonstratenserorden, der etablerede sig på Børglum fra midt i 1100-tallet, og Børglum blev ordenens hovedsæde for dens klostre i Danmark, Norge og Sverige.
Præmonstratenserordenen blev stiftet af Norbert af Xanten, der 1120 grundlagde ordenens hovedsæde i den franske by Prémontré. Den blev hurtigt en af overklassens mest populære ordner, og der blev oprettet ca. 500 præmonstratenserklostre i Europa. Når ordenens brødre kalder sig for kannikker eller korherrer " ikke munke " så skyldes det, at man skal have en præsteuddannelse for at blive optaget i denne orden. Det kan være cistercienseren Bernhard af Clairvaux, der har anbefalet præmonstratenserne til sin nære ven, den danske ærkebiskop Eskil, der omkring midten af 1100-tallet formidler præmonstratensernes ankomst til Danmark. Præmonstratensere, der kom til Børglum Kloster, blev bestemt regnet for at høre til den europæiske gejstligheds elite.
Da Reformationen blev fuldført 1536, blev alt kirke- og bispegods beslaglagt af den lutheranske Christian 3., som »glemte« at kanalisere pengene ud til de folk, der nu skulle overtage de forpligtelser, som klostret hidtil havde haft. De efterfølgende år blev en virkelig hård tid for vendelboerne. Det sociale system som f.eks. hospitalerne, skolerne og fattigvæsenet kollapsede, heksejagten satte ind, og oven i det hele dømte Christian 3. alle bønderne i Vendsyssel til døden, fordi de fleste af dem havde deltaget på Skipper Clements side i Grevens Fejde. Godt nok kunne dødsdommene undgås, hvis bønderne betalte en klækkelig sum penge til kongen, men kongens selvbestaltede domme lå uhørt langt fra det, vi ellers kender fra den nordiske retspraksis.
I en overgangstid, hvor man skulle forsøge at få et overblik over Børglum Klosters værdier og jordbesiddelser, udnævnte kongen klostrets prior Niels Lauridsen som tilsynsmand for det beslaglagte kloster- og bispegods. Og det har helt sikkert været en klar fordel, idet det jo netop var prioren, der før Reformationen var vant til at føre regnskab og have det store overblik over klostrets gods. Man kan sige, at prior Niels beholdt sit job, men skiftede arbejdsgiver; i stedet for abbeden fik han nu Christian 3. Bispegodset blev ret hurtigt solgt fra, heraf fik den forhadte Peder Ebbesen Galt 68 gårde, og det gamle klostergods blev udlagt til kongeligt len 1540.
I de 129 år, Børglum Kloster var under kongelige lensmænd og Sorø Akademi, var mængden af jordbesiddelser stort set den samme, og lensmændenes indtægter nogenlunde ens. Men den manglende vedligeholdelse af bygningerne havde efterhånden sat et så kraftigt præg, at kongen efter Godslev Buddes død 1622 befalede Otto Skeel og Mogens Kaas at lave en udførlig rapport over godsets og bygningernes tilstand. I rapporten omtales både klosterbygningerne og alle avlsbygningerne som »brøstfældige«, det vil sige faldefærdige. Kirken nævnes ikke, men formodentlig har den været i nogenlunde stand, da den var blevet restaureret både i 1590 og 1616. Det er også takket være den omtalte rapport, vi for første gang kan få et samlet overblik over Børglum Klosters samlede jordbesiddelser, og selv om godset ikke opgøres i hartkorn, men kun i antal ejendomme, så giver den alligevel en ganske god fornemmelse af de besiddelser, der hørte til Børglum Kloster på den tid. Rapporten omtaler 268 gårde, 163 gadehuse og 4 møller.
1669-1770 Før Børglum Kloster 1669 blev solgt til privat eje, var en stor del af fæstegårdene blevet solgt fra. Af de 1555 tdr. hartkorn, som efter matriklen 1664 hørte til godset, var det kun 798, der overgik til Peder Reedtz, og det var fortrinsvis de ejendomme, der lå længst fra gården, der var blevet solgt. Normalt regnes denne periode for at være stavnsbåndets, kvægpestens og underkuelsens tid for de danske bønder. Men adskillige retssager fra den tid vidner om, at bønderne under Børglum Kloster ikke lod sig kue af godsejerne, ikke mindst bombeattentatet mod oberst de Poulson. En samtidig indberetning fortæller, at der bestemt ikke var »Jeppe på bjergetlignende « tilstande på klostret: »Torturredskaber som træhesten og lignende var ikke at finde på Børglum«, står der i en optegnelse over løsøre fra 1721.
1781 blev der udsendt en kongelig forordning, der opfordrede til, at man opgav det gamle fællesskab i landsbyerne og påbegyndte en udskiftning. Gårdene skulle flyttes ud til den jord, der hørte under gården, så hver gård fik sine jordtilliggender samlet omkring sig, i stedet for som hidtil, hvor alle gårdene havde været samlet omkring landsbyens gadekær. Da processen var både besværlig og dyr, og der opstod tvivl om, hvorvidt det var godsejeren eller bønderne, der skulle betale landmåleren og omkostningerne ved at flytte bygningerne, ja så varede udskiftningen af Børglum Klosters gods faktisk 37 år. 1798 var det fæstegods, der lå til hovedgården, vurderet til 998 tdr. hartkorn.
Året 1835 kom Børglum Kloster i familien Rottbølls eje. Slægten kom oprindelig fra hovedgården Rotbøl, Lodbjerg sogn i Thy, der sidst i 1600-tallet blev ødelagt af sandflugten. Det har siden været denne slægt, der har opfostret godsejere til Børglum Kloster
Da loven om afviklingen af fæstegods kom 1861, blev der lavet en fortegnelse over de fæstepligtige gårde, der stadig hørte under Børglum Kloster. Da Rottbøll forinden havde solgt ca. 400 tdr. hartkorn af fæstegodset, var der nu kun 81 gårde med et samlet hartkorn på 265 tønder tilbage. Udviklingen gik stærkt; grundloven blev vedtaget, hoveriet blev ophævet, og fæstebonden blev selvejer, og det betød blandt andet, at der blev en mere intens dyrkning af markerne og dermed et større udbytte. Men det var bestemt ikke en ubetinget fordel, at bønderne kom til at eje deres gårde. I flere tilfælde kan vi da også se, at de trækker ejerskiftet ud, fordi den husleje, de betalte til godsejeren, var forholdsvis lav. På en måde kan man vel sige, at bonden blot fik sit fæstebrev udskiftet med et kreditforeningslån. 1935, er den samlede hartkornsvurdering svundet ind til 42 tønder.
Efter en brand byggede de nuværende ejere Hans og Anne Rottbøll 1989 en ny kornlade på 3000 m2, og de iværksatte 1995 det største restaureringsarbejde af kirken, der er foretaget siden 1590. Et projekt, der er budgetteret til ca. 13 millioner kroner.
En af de ejendommeligheder ved Børglum Klosters historie, der stadig undrer historikerne, er, at dette middelalderlige magtcenter aldrig udviklede sig til en regulær by med borgerskab, købmænd og handelshuse, som ellers var en vigtig del af de øvrige danske bispers økonomiske grundlag. Hvis vi ser på udviklingen ved de andre bispesæder i det nuværende Danmark: Viborg, Århus, Ribe, Odense og Roskilde, så opstod der alle disse steder en storby, hvorimod både den omfattende bebyggelse og det store befolkningstal ved Børglum skrumper ind til kun at omfatte den nu ensomt beliggende herregård på toppen af bakken.
Havde udviklingen ved Børglum været den samme som ved landets øvrige bispebyer, ja, så havde Børglum Kloster nu ligget midt i en storby, måske med et storcenter lidt vest for møllen og et byggemarked nord for kirkegården. Ikke fordi vi har noget imod hverken et storcenter eller et byggemarked, men her på egnen er vi mange, der egentlig synes, at bygningerne og landskabet klæ'r hinanden ganske godt, og at den skæbne, det smukke gamle kloster har fået, ikke er så ringe endda.